Zbudowany w 1938 roku Messerschmitt Me 209 powstał jako samolot do bicia rekordów prędkości. Dodatkowo Niemcy wykorzystywali go do zadań propagandowych i promocji myśliwców Messerschmitt Bf 109 (z którym Me 209 miał wspólny tylko silnik).
Głównym celem powstania Messerschmitta Me 209 było pobicie rekordu prędkości dla samolotów o napędzie tłokowym. Ponadto, Messerschmitt zamierzał wykorzystać maszynę do promocji produkowanych seryjnie myśliwców Bf 109, mimo iż w praktyce oba samoloty były totalnie różne, a łączył je tylko ten sam zastosowany silnik Daimler-Benz DB 601. Aby utrzymać wrażenie podobieństwa do myśliwca, maszyna otrzymała oznaczenie Me 209.
Prace nad maszyną rozpoczęto w 1937 roku, a prototyp oblatano 1 sierpnia 1938 roku – za sterami zasiadł Herman Wurster. Maszyna miała 7,24 m długości i 7,8 m rozpiętości skrzydeł. Napęd stanowił dwunastocylindrowy silnik Daimler-Benz DB 601ARJ o mocy 1775 KM, wyposażony w specjalny system chłodzenia, w którym gorąca woda odprowadzana była do skrzydeł, gdzie odparowywała i skraplała się, po czym wracała do silnika. System ten cechował się jednak częściową utratą wody, przez co jej zapas wynoszący 300 litrów starczał na około 30 minut lotu.
Aby maksymalnie odciążyć konstrukcję, maszynę pozbawiono całego wyposażenia, które nie było niezbędne do lotu. W związku z tym Me 209 ważył tylko 2100 kg. Cechą charakterystyczną samolotu był mocno przesunięty do tyłu kokpit.
Zbudowano 4 prototypy (od V1 do V4), z których pierwszy wykorzystano do ustanowienia rekordu prędkości. Miało to miejsce 26 kwietnia 1939 roku. Maszyna pilotowana przez Fritza Wendela o noszącą rejestrację D-INJR rozpędziła się do 755,138 km/h. Rekord ten nie został pobity aż do 1969 roku, kiedy to został pobity przez Darryla Greenamayera na Grummanie F8F Bearcat.
Drugi prototyp Me 209 utracono w wypadku, a pozostałe wykorzystywano do różnych prób. Egzemplarz V4 posłużył do testów zmilitaryzowanej wersji Me 209, która miała posłużyć do oceny samolotu jako potencjalnego myśliwca. Ostatecznie po zainstalowaniu lekkiego uzbrojenia osiągi samolotu spadły tak bardzo, że wypadał on gorzej od seryjnych Bf 109E.
Do naszych czasów przetrwał zdekompletowany kadłub prototypu V1, który znajduje się w Muzeum Lotnictwa Polskiego w Krakowie. Maszynę odnaleziono po 1945 roku na złomowisku w Czarnkowie. Według dostępnych informacji, w trakcie wojny samolot znajdował się w prywatnej kolekcji Hermanna Göringa.
Warto dodać, że w 1943 roku zakłady Messerschmitta rozpoczęły prace nad myśliwcem Messerschmitt Me 209, który miał być następcą Bf 109. Chociaż maszyna miała takie samo oznaczenie jak opisywany samolot rekordowy, nie była z nim w żaden sposób związana.
