Zbudowany na niewielkich wysepkach u wybrzeży Florydy Fort Jefferson jest jednym z najciekawszych amerykańskich fortów. Pierwszy przymiarki do jego budowy miały miejsce już w 1824 roku, ale dopiero w 1846 roku rozpoczęto prace. Chociaż formalnie prace zakończono w 1875 roku, obiekt nigdy nie był w pełni ukończony.
Historia Fortu Jefferson sięga grudnia 1824 roku, kiedy to w rejon wyspy Dry Tortugas, wchodzącej w skład archipelagu Florida Keys przybyła misja wojskowa pod dowództwem komandora Davida Portera. Jej zadaniem było znalezienie dogodnego miejsca do zbudowania bazy, przystani lub fortu, który miał chronić wejście do Zatoki Meksykańskiej, oraz być bazą wypadową dla okrętów zwalczających piractwo na Karaibach.
Po wstępnych oględzinach okolicznych wysp, komandor Porter uznał, że nie nadają się one do wykorzystania przez Flotę, a zbudowanie fortów jest niemożliwe. W 1825 roku zbudowano w tym rejonie jedynie niewielką latarnię morską. W maju 1829 roku na wyspę przybył kolejny oficer Floty, komandor John Rodgers, który tym razem stwierdził, że wyspa nadaje się do budowy fortu.
Przez kolejne lata przeprowadzono liczne badania i próby, dzięki którym potwierdzono, że niewielkie piaszczyste wysepki nadają się do zbudowania na nich fortu. W 1846 roku podjęto decyzję o zbudowaniu twierdzy, która otrzymała nazwę Fort Jefferson.
Plany zakładały zbudowanie trzykondygnacyjnej twierdzy w kształcie sześcioboku, otaczającej latarnię morską i kilka budynków technicznych, zbudowanych na potrzeby twierdzy. Garnizon miał liczyć kilka tysięcy żołnierzy, którzy obsadzaliby kilkaset dział (niektóre źródła mówią nawet o planie zainstalowania 1000 armat!). Na narożnikach Fortu umieszczono specjalne baszty, pozwalające na strzelanie wzdłuż murów. Działa umieszczono w otwartych kazamatach w murach twierdzy.
Bardzo ciekawie planowano rozwiązanie problemu dostępu do wodny pitnej. W ścianach fortu umieszczono specjalne zbiorniki, w których zbierała się deszczówka. Dzięki specjalnym warstwom piasku i kamieni, woda spływając z dachu była oczyszczana. Systemu nigdy jednak nie wykorzystywano, ponieważ osiadające w dosyć miękkim gruncie mury pękały i zbiorniki nie były szczelne.
Ze względu na oddalenie od stałego lądy, oraz trudne warunki pogodowe – liczne huragany, prace nad fortem przedłużały się. W trakcie wojny secesyjnej nieukończony Fort będący w rękach Unii i wykorzystywano jako więzienie. Jego garnizon liczył wówczas około 2000 żołnierzy wraz z rodzinami.
Po zakończeniu wojny (w jej trakcie Fort nigdy nie został zaatakowany) kontynuowano prace nad umocnieniami. W 1875 roku przerwano je, ze względu na przestarzałą konstrukcję twierdzy, zaprojektowanej przed pojawieniem się okrętów pancernych. Dodatkowo utrzymanie fortu było bardzo kosztowne, głównie z powodu huraganów niszczących zabudowania.
Wojsko równocześnie porzuciło Fort, który pozostawiono własnemu losowi. W kolejnych latach sporadycznie wykorzystywano go jako bazę zaopatrzeniową, lub szpital. W 1908 roku okoliczne tereny przekształcono w rezerwat ptaków, przez co Fort Jefferson trafił pod opiekę Departamentu Rolnictwa.
4 stycznia 1935 roku dawny fort przekształcono w miejsce o znaczeniu historycznym i nazwano Fort Jefferson National Monument. Od tego czasu olbrzymi fort zbudowany z 16 mln cegieł jest atrakcją turystyczną.
