Na początku lat 30. Luftwaffe stopniowo zaczęło rozbudowywać swój potencjał. Wśród wielu zaprojektowanych w tym czasie samolotów większość miała charakter przejściowy i ich kariera była bardzo krótka. Jedną z takich konstrukcji był samolot rozpoznawczy i lekki bombowiec Heinkel He 46.
W ramach programu odbudowy potencjału lotniczego, Luftwaffe złożyła u głównych producentów samolotów w Niemczech liczne zamówienia na samoloty bojowe, które miały z jednej strony pozwolić na rozbudowę sił powietrznych oraz przeszkolenie pilotów, a z drugiej pozwoliłyby na zdobycie doświadczenia w budowie nowoczesnych konstrukcji lotniczych przez przemysł.
W zakładach Heinkla powstało kilka, często nowatorskich projektów, oraz równocześnie wiele typowo przejściowych konstrukcji. Jedną z nich był Heinkel He 46. Początkowo projektowano go jako dwupłatowiec, po czym zdecydowano się na zastosowanie układu półtorapłatowca, z szczątkowym dolnym płatem. Taką konfigurację otrzymał oblatany pod koniec 1931 roku prototyp, jednak w trakcie prób uznano, że dolny płat można usunąć. Górny płat pochylono dodatkowo pod kątem do tyłu, aby zrekompensować przesunięcie środka ciężkości po usunięciu dolnego płata.
Próby He 46 przebiegły pomyślnie, w związku z czym samolot skierowano do produkcji seryjnej w kilku wersjach. Maszyny seryjnie różniły się od prototypów zastosowaniem modyfikacji, które stworzono na podstawie wniosków z prób (głównie szczegóły konstrukcji, jak np. zastosowanie płozy ogonowej zamiast kółka). Do służby weszło kilka wersji samolotów tego typu, przeznaczonych głównie do zadań rozpoznawczych oraz bliskiego wsparcia pola walki.
Samolot miał 9,5 m długości i 14 m rozpiętości skrzydeł, a jego maksymalna masa wynosiła 2300 kg. Napęd stanowił dziewięciocylindrowy silnik Bramo SAM 22B lub Bramo 322B o mocy 661 KM, zapewniający prędkość maksymalną 250 km/h i zasięg około 1000 km.Uzbrojenie składało się z karabinu maszynowego MG 15 kalibru 7,92 mm na stanowisku za kokpitem, oraz ładunku bomb składającego się maksymalnie z 20 bomb o masie 10 kg każda.
Swój chrzest bojowy He 46 przeszły podczas hiszpańskiej wojny domowej. Kilkadziesiąt egzemplarzy trafiło do Legionu Condor, oraz zostało przekazanych hiszpańskim siłom powietrznym. Ich udział w działaniach bojowych nie miał jednak dużego znaczenia. W Luftwaffe He 46 wykorzystywano w jednostkach liniowych do 1939 roku – ostatnie jednostki używały ich jeszcze podczas kampanii wrześniowej, ale nie brały aktywnego udziału w działaniach bojowych. Następnie przesunięto je do jednostek szkolnych, w których pozostały do 1943 roku, kiedy to część z nich przywrócono do służby w nietypowej roli tzw. nocnych bombowców nękających.
Zadaniem maszyn było prowadzenie niezbyt dużych ataków na często przypadkowe cele, a ich głównym zadaniem było po prostu nękanie przeciwnika i zmuszanie żołnierzy do pozostawiania w stanie gotowości nawet w nocy. W tej samej roli samoloty tego typu używane były przez węgierskie siły powietrzne, które otrzymały pewną liczbę He 46 na początku wojny. Kolejnym użytkownikiem samolotów tego typu była Bułgaria, która wprowadziła do służby 18 maszyn wyprodukowanych lokalnie i wyposażonych w osłonę silnika, zmniejszającą opór powietrza.
Heinkel He 46 nie był ani nowatorską konstrukcją, ani nie był specjalnie skuteczny podczas działań bojowych. Maszyna ta została szybko zapomniana, chociaż zbudowano około 480-500 egzemplarzy.
