Zbudowany w latach 1075-1078 Zamek Hohenwerfen pełnił wiele różnych ról i zmieniał właścicieli. Zbudowano go dla ochrony ziem w dolinie rzeki Salzach, ale z kolejnych wiekach twierdza służyła m.in. jako siedziba lokalnych władców, więzienie oraz ośrodek szkoleniowy.
Budowę fortecy zainicjował w 1075 roku arcybiskup Salzburga, Gebhard. Jako miejsce budowy wybrał mającą 155 m wysokości skałę, wznoszącą się nad doliną rzeki Salzach. Zamek był jednym z trzech, które ochraniały arcybiskupstwo Salzburg. Gebhard nie brał udziału w końcowym etapie budowy twierdzy, ponieważ w 1077 roku został wydalony z Salzburga, do którego powrócił dopiero w 1086 roku, na dwa lata przed swoją śmiercią.
W kolejnych wiekach strategicznie umieszczona forteca wielokrotnie zmieniała swoje przeznaczenie. Początkowo wykorzystywana była przez władców Salzburga jako baza wojskowa, miejsce zamieszkania oraz baza do polowań. W XII wieku poddano go pierwszej większej przebudowie. Kolejna modernizacja miała miejsce w XVI wieku w czasie niemieckiej wojny chłopskiej.
Z czasem Zamek Hohenwerfen przekształcono w więzienie, do którego trafiali różni przestępcy i wrogowie lokalnych władz. Wśród osadzonych często znajdowali się również wysoko urodzeni członkowie szlachty. Pełniąc funkcję więzienia, twierdza zyskała złą sławę.
W latach 30. XX wieku właścicielem zamku był arcyksiążę Eugeniusz Ferdynand Habsburg. W 1931 roku Zamek Hohenwerfen został znacznie uszkodzony przez pożar. Chociaż w znacznej mierze odbudowano go, w 1938 roku musiał zostać sprzedany lokalnym władzom i następnie przejęty przez Nazistów, którzy zamienili go w Gauführerschule, czyli nazistowski ośrodek szkoleniowy.
Po wojnie twierdza została przekształcona w ośrodek szkoleniowy dla żandarmerii (austriackiej policji). W 1987 roku podjęto decyzję o zamienieniu jej w muzeum i udostępnieniu go zwiedzającym. Po stosownych przeróbkach, zamek stał się lokalną atrakcją turystyczną, oraz częstym planem filmowym.
Zamek Hohenwerfen zagrał m.in. w filmie Tylko Dla Orłów, Dźwięki muzyki, Nowożeńcy, serialu Dziesiąte Królestwo oraz Człowiek z Wysokiego Zamku. Forteca była również inspiracją dla twórców gry komputerowej Call of Duty Black Ops III.
